В некоторых системах передачи информации требуется, чтобы поток содержал только определенные символы ASCII кодировки. Однако, выходной поток криптоалгоритма имеет очень высокую рандомизацию и в нем встречаются с равной вероятностью все 256 символов. Для преодоления этой проблемы используется транспортное кодирование.
Поскольку системы шифрования данных часто используются для кодирования текстовой информации: переписки, счетов, платежей электронной коммерции, и при этом криптосистема должна быть абсолютно прозрачной для пользователя, то над выходным потоком криптосистемы часто производится транспортное кодирование, то есть дополнительное кодирование информации исключительно для обеспечения совместимости с протоколами передачи данных.

Все дело в том, что на выходе криптосистемы байт может принимать все 256 возможных значений, независимо от того был ли входной поток текстовой информацией или нет. А при передаче почтовых сообщений многие системы ориентированы на то, что допустимые значения байтов текста лежат в более узком диапазоне : все цифры, знаки препинания, алфавит латиницы + национального языка. Первые 32 символа набора ASCII служат для специальных целей. Для того, чтобы они и некоторые другие служебные символы никогда не появились в выходном потоке используется транспортное кодирование.

Наиболее простой метод состоит в записи каждого байта двумя шестнадцатиричными цифрами-символами. Так байт 252 будет записан двумя символами 'FC'; Но эта схема очень избыточна: в одном байте передается только 4 бита информации.

Была разработана и стандартизирована на уровне протоколов сети система Base64 (стандарт RFC1251).Процесс кодирования преобразует 4 входных символа в виде 24-битной группы, обрабатывая их слева направо. Эти группы затем рассматриваются как 4 соединенные 6-битные группы, каждая из которых транслируется в одиночную цифру алфавита base64. При кодировании base64 входной поток байтов должен быть упорядочен старшими битами вперед.

Каждая 6-битная группа используется как индекс для массива 64-х печатных символов. Символ, на который указывает значение индекса, помещается в выходную строку. Эти символы выбраны так, чтобы быть универсально представимыми и исключают символы, имеющие специальное значение.

Выходной поток (закодированные байты) должен иметь длину строк не более 76 символов. Все признаки перевода строки и другие символы, отсутствующие в алфавите Base64, должны быть проигнорированы декодером base64.
Если в хвосте потока кодируемых данных осталось меньше, чем 24 бита, справа добавляются нулевые биты до образования целого числа 6-битных групп. А до конца 24-битной группы может оставаться только от 0 до 3-х недостающих 6-битных групп, вместо каждой из которых ставится символ-заполнитель "=". Поскольку весь входной поток представляет собой целое число 8-битных групп (т.е., просто байтных значений), то возможны лишь следующие случаи:
1) Входной поток оканчивается ровно 24-битной группой (длина файла кратна 3). В таком случае выходной поток будет оканчиваться четырьмя символами Base64 без каких либо дополнительных символов.
2) "Хвост" входного потока имеет длину 8 бит. Тогда в конце выходного кода будут два символа Base64, с добавлением двух символов "=".
3) "Хвост" входного потока имеет длину 16 бит. Тогда в конце выходного будут стоять три символа Base64 и один символ "=".

Так как символ "=" является хвостовым заполнителем, его появление в теле письма может означать только то, что конец данных достигнут. Но опираться на поиск символа "=" для обнаружения конца файла неверно, так как, если число переданных битов кратно 24, то в выходном файле не появится ни одного символа "="